校旗為本校美術學系主任孫多慈教授所設計，清雅絕俗，涵義深長。自從民國五十二年三月一日大成館落成之日起，繪有木鐸校徽的校旗，矗立於大成館屋頂；在城區部，校旗也飄揚於大夏館的屋頂，天天陪伴著華岡青年們進德修業，創辦人心中的想法，愛國必須愛國旗，愛校必須愛校旗。