梅花旗大學棒球錦標賽是由中華民國棒球協會所主辦的國內棒球賽事，其前身為梅花旗棒球賽，於1979年12月29日首度在台北市立棒球場開打，由味全（中國文化大學）與葡萄王（輔仁大學）兩隊交手，每次進行七戰四勝制的奪旗對抗賽。但舉辦三次即因葡萄王停止贊助輔仁大學棒球隊而中斷，其間輔仁大學奪旗兩次、中國文化大學一次。
在停辦十五年後，中華民國棒球協會於1996年恢復本項比賽，由各大專院校棒球隊參與，並改制為「梅花旗大學棒球錦標賽」，並聘請日本師傅手工製作打造一面價值一百萬日圓（約值三十萬台幣）的新錦旗，規定凡連續三屆奪旗者可永久保存此旗。復辦之初，預賽採雙循環賽制，預賽前兩名球隊再進行三戰兩勝制的「奪旗賽」；但在2005年以後，由於參賽球隊逐屆增多，於是改採雙敗淘汰制。梅花旗復辦之後，亦曾於1998年、2000年～2001年兩度因故停辦，統計至2008年為止，共已舉辦十屆比賽。
　　總計梅花旗復辦後的十屆賽事中，以本校七次奪冠最多，不過在2005年以前，均未能連續三屆奪冠，取得永久保存冠軍錦旗的資格。而在2008年冠軍賽中，由本校廖文揚與鄭凱文、羅嘉仁三位投手以６比０聯手完封臺灣體大桃園校區，並奪下第十屆冠軍，創下梅花旗歷史上首度奪下三連霸的紀錄，終於獲得永久保留，冠軍錦旗的殊榮。
　　爾後棒協只得再製作一面梅花旗，因經費有限，花費減為60萬日圓。至於為何一定要到日本訂作?棒協秘書長林宗成解釋說，10年前就先問國內師傅，沒人做得來，10年後答案仍然一樣，可見這面旗幟細緻程度及難度。